在造血干细胞移植中，医生会从病人的血液或骨髓中收集干细胞，然后将其移植到病人的体内，以治疗血液系统疾病。而在骨髓移植中，医生会从另一位捐赠者骨髓中收集干细胞，然后将其移植到病人的体内。此外在造血干细胞移植中，病人会接受一种称为白细胞抑制剂的药物，这种药物可以抑制病人体内的免疫系统，以防止移植干细胞受到抗体的攻击。而在骨髓移植中，由于接受移植的干细胞来自捐赠者，因此无需使用白细胞抑制剂。

由于移植的干细胞来自不同的捐赠者，因此骨髓移植患者可能会出现排斥反应，即接受移植的干细胞会受到病人体内的抗体攻击，导致移植失败。而在造血干细胞移植中，病人体内的免疫系统已经被白细胞抑制剂抑制，因此排斥反应的发生概率会更低。

从安全性的角度来看，造血干细胞移植的风险要低于骨髓移植，因为造血干细胞来自病人自身，因此可以避免排斥反应的发生。此外在造血干细胞移植中，由于干细胞来自病人自身，因此病人不必担心接受移植的干细胞会传播其他病毒疾病。